În cazul planificării rețelei ecologice pentru un anumit nivel teritorial, trebuie soluționate trei sarcini importante: 1. A stabili ce obiecte trebuie incluse în rețea în calitate de zone-nucleu, grație valorii lor și corespunzător, necesitatea de protecție sau de alt fel de gestionare rațională. 2. A decide cîte obiecte de diferite categorii pot fi incluse în rețeaua ecologică la nivel național de planificare și care pot fi analizate la nivel de sectoare locale ale rețelei. 3. A stabili cum pot fi comparate aceste obiecte.